2014年6月11日星期三

Bio-Informatics

1, Motif finding sampling
找n个基因序列的共同motif, 这个motif可能是某段RNA复制的起始点。需要确定的模型参数有,
(1) motif中的概率矩阵
(2) background的概率矩阵
另外,找motif的起始位置也是很困难,涉及到二维采样(n*基因长度)。
Gibbs sampling可以减少采样难度。
首先固定除第1段基因外的其他基因段的motif位置,在第一段基因中找到打分最高的位置,固定此位置;固定除第二段外的其他motif位置,在第二段中中找打分最高的;依次类推。

2,

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